Sejarah Malaysia (سجاره مليسيا) adalah baru dibandingkan cabang dari sejarah dunia Melayu-Indonesia yang lebih luas. Secara budaya dan bahasa, Malaysia dan Indonesia berbagi fitur yang sama yaitu karakteristik masyarakat Melayu Nusantara. Dunia Melayu ataupun Nusantara terdiri dari wilayah-wilayah Maritim yang luas yaitu Pattani, Kalimantan, Sulawesi, Tanah Melayu, Tanah Jawa, Sumatera, Sulu (Mindanao), Papua, Timor, Kamboja dan Pulau Kalimantan. Kini dunia Melayu dibagi ke enam negara - Malaysia, Indonesia, Filipina, Singapura, Brunei dan Timor Timur - secara besar akibat dari pengaruh luar.
Sejarah awal Malaysia dimulai dengan keberadaan manusia awal berusia 40.000 tahun yang ditemukan di Kompleks Gua Mulu dan kompleks gua niah, Sarawak. Secara dasarnya sejarah negara ini telah melalui empat zaman utama sejarah manusia yaitu Prasejarah, Proto Sejarah, Abad Pertengahan dan Zaman Kolonial. Namun begitu, penemuan terbaru oleh sejarawan terhadap DNA bangsa melayu menempatkan melayu sebagai bangsa tertua didunia setelah letusan Gunung Toba dengan usia DNA sekitar 60, 000 tahun.
Semenanjung Melayu berubah menjadi pusat perdagangan Asia Tenggara ketika Cina dan India memulai perdagangan mereka melalui pelabuhan di Selat Melaka. Penemuan beberapa situs arkeologi Zaman Proto Sejarah membuktikan ada pemukiman pesisir awal abad ke-2 Masehi lagi. Ini menyebabkan munculnya pemerintah awal sebelum abad ke-10 adalah merupakan pemukiman pesisir pantai dan pelabuhan kecil. Ini termasuk Langkasuka dan Lembah Bujang di Kedah, Beruas dan Gangga Negara di Perak, dan Pan Pan di Kelantan. Pada awal abad ke-15, Kesultanan Melaka wujud dan kemakmuran ekonominya telah menarik minat penakluk dari Portugis pada tahun 1511 diikuti oleh Belanda dan Inggris untuk menciptakan pemukiman atau koloni di Selat Melaka.
Sementara di Borneo pula, keberadaan kerajaan kuno Marudu sebelum abad ke-13 Masehi dan Santubung lebih awal lagi membuktikan telah ada entitas politik yang mendahului keberadaan Kesultanan Brunei dan kesultanan Sulu.
Penempatan awal Inggris di Malaysia dimulai dengan pendudukan Pulau Balambangan pada tahun 1769 hasil dari perjanjian dengan Kesultanan Brunei dan Kesultanan Sulu. Sementara penempatan Selat Koloni Kerajaan Inggris dibuat pada 1826, dan Inggris sedikit demi sedikit menyebarkan pengaruh dan kekuasaannya atas seluruh semenanjung. Penempatan Selat termasuk Pulau Pinang, Singapura dan Melaka. Pada 1867, Inggris menjadi semakin agresif dan mulai mendapatkan negeri negeri Melayu yang lain. Karena perang saudara, gangguan asosiasi sulit Cina, Inggris telah dipilih untuk menyelesaikan masalah masalah penduduk Negeri Selat. Akhirnya, Perjanjian Pangkor ditandatangani yang mengakibatkan perluasan kekuasaan Inggris ke negeri negeri Melayu (yaitu Perak, Pahang, Selangor dan Negeri Sembilan yang dikenal juga Negara-negara Sekutu). Negeri-negeri lain yang dikenal sebagai negeri-negeri Tidak Bersekutu adalah Perlis, Kedah, Kelantan, dan Terengganu yang berada di bawah kekuasaan Thai.
Di Borneo Utara yang dulunya berada di bawah pemerintahan Kesultanan Brunei dan Kesultanan Sulu sekarang Sabah) telah berada dibawah sewa Serikat Berpiagam Borneo Utara Inggris pada tahun 1881 hingga 1946 ketika ia dinobatkan sebagai koloni Britania. Sementara Sarawak menjadi milik keluarga Brooke sebelum dari itu.
Akibat pendudukan Jepang pada Perang Dunia II dan komunis, kesadaran untuk merdeka semakin bersinar dan kuat. Hal ini sangat dikhuatir oleh British khususnya dalam menjaga kepentingannya dan masyarakat imigran. justru British menciptakan Malayan Union, masyarakat Melayu bangun menentang dan menginginkan sistem yang pro-melayu, menolak masuk Singapura dan menginginkan sistem kewarganegaraan tunggal (dibandingkan dwiwarganegara, yang memungkinkan kaum imigran mendapat status warga Malaya dan negara asal mereka). Kemerdekaan untuk semenanjung diperoleh pada 1957 di bawah nama Federasi Malaya, tanpa Singapura.
pembentukan Malaysia
Pada 16 September 1963, sebuah persekutuan baru dibuat di bawah nama Malaysia yang terdiri dari Federasi Malaya, Singapura, Borneo Utara (kemudian dinamakan Sabah) dan Sarawak. Kesultanan Brunei yang pada awalnya menginginkan untuk bergabung dengan Malaysia akan tetapi telah menarik diri karena oposisi sebagian rakyat Brunei. Pada awal pembentukan Malaysia, banyak hal terjadi misalnya upaya Indonesia untuk menaklukkan Malaysia, dan klaim yang dibuat oleh Filipina terhadap Sabah. Pada tahun 1965, Singapura pula dikeluarkan dari Malaysia dan terjadinya desakan ekonomi dari kaum Tionghoa.